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Il y a plus de virus dans les plantes cultivées que dans les végétaux "sauvages"

Par Loïc Chauveau le 10.02.2018
Pour la première fois, une étude confirme que les cultures sont des réservoirs à phytovirus du fait de la concentration au même endroit de plantes ayant le même patrimoine génétique. Une découverte qui devrait avoir d’importantes conséquences pour l’agronomie.
HYPOTHESES. Les virus se diffusent plus facilement quand ils sont en présence d'une population –animale, humaine ou végétale- ayant un même patrimoine génétique. C'est ce que confirme une étude que vient de publier la revue d'écologie microbienne ISME Journal. De plus, une hypothèse ancienne vient d'être validée : les maladies virales qui représentent 50% des maladies émergentes chez les plantes, sont plus fréquentes au sein des zones cultivées qu'au sein des zones non cultivées. "L'idée a été de comparer la biodiversité de virus présents dans des agrosystèmes où les plantes sauvages voisinent avec les cultures", explique Philippe Roumagnac, chercheur au Cirad et co-auteur de l'article.

Grâce à une bourse Marie-Curie de l'Union européenne, ce phytopathologiste a pu travailler deux ans en Afrique du sud dans la région floristique du Cap, une zone où la culture des céréales voisine avec le Fynbos un milieu naturel au fort taux d'endémisme. Les chercheurs ont défini dans la nature des points de collecte où les plantes les plus répandues ont été prélevées. Par analyse génétique, ils ont ensuite identifié les différentes familles de virus présentes sur les plantes sauvages et les céréales cultivées. Puis retour en France, où la même démarche de prélèvements et de séquençage génomique a été effectuée sur des plantes sauvages de Camargue voisinant avec les rizières intensives du delta du Rhône. Et les résultats ont été comparés.

La concentration d'êtres génétiquement proches favorise les épidémies
SAUVAGES. Premier enseignement : les plantes cultivées sont plus fréquemment infectées par des virus que les plantes sauvages. "En écologie virale, c'était une affirmation qui n'avait jamais été vérifiée", précise Philippe Roumagnac. La concentration dans un même endroit d'individus ayant le même patrimoine génétique favorise la diffusion d'agents pathogènes ou non. Les maladies humaines sont ainsi apparues au moment de l'apparition de l'agriculture qui a poussé les hommes à se regrouper dans des villages, favorisant ainsi les épidémies. "Que ce soit en Afrique du Sud ou en France, nous constatons par ailleurs la présence d'au moins 19 familles de virus ainsi qu'une distribution similaire entre sauvages et cultivées", poursuit Philippe Roumagnac.

Le fait qu'il s'agit des mêmes familles, voire des mêmes espèces virales entre milieux naturel et cultivé démontre qu'il y a des échanges importants entre ces deux compartiments du paysage. "Or, contrairement aux espèces cultivées, les virus des espèces sauvages ont jusqu'ici été très peu étudiés et on aurait tout intérêt à s'intéresser à la grande quantité de virus présents dans les zones bordant les parcelles agricoles pour mieux comprendre l'émergence des maladies des plantes", assure le chercheur. L'étude montre en effet qu'en Afrique du Sud comme en Camargue, 80% des nouveaux virus révélés par les analyses génétiques proviennent des plantes sauvages.

Mieux connaître les virus des plantes sauvages permettrait de mieux endiguer les maladies émergentes
AGRO-ECOLOGIE. Depuis un siècle et la découverte du tout premier virus, le virus de la mosaïque du tabac à la fin du XIXe siécle, la recherche s'est concentrée sur les virus des plantes cultivées pour connaître leurs effets pathogènes car 50% des maladies émergentes sont d'origine virales. Sur les 1400 espèces de virus des plantes répertoriées par le Comité international de taxonomie des virus, 10% seulement proviennent de plantes sauvages. "Notre connaissance du monde des virus des plantes reste donc extrêmement partielle en termes de diversité, mais aussi en termes de répartition à l'échelle de l'agroécosystème, souligne Denis Filloux, chercheur en virologie végétale au Cirad. Ce manque de connaissances représente un écueil dans la compréhension du fonctionnement global des agrosystèmes, et dans la définition et la quantification des facteurs de risque d'émergence de nouvelles maladies virales des plantes ou la définition de stratégies de lutte contre ces maladies".

Mieux connaître les espèces de virus, savoir quelles plantes-hôtes ils préfèrent, cartographier leurs aires de répartition, pourrait permettre à terme de gérer les paysages agricoles pour empêcher la survenue et la diffusion des maladies virales. " Une meilleure connaissance des virus donnerait ainsi à l'agroécologie un moyen supplémentaire de contenir les maladies en favorisant par exemple les mélanges variétaux ou la culture simultanée de diverses espèces végétales" conclut Philippe Roumagnac.