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En mutant, SARS-CoV-2 a donné lieu à une seconde souche virale plus contagieuse

Thomas Boisson
mars 2020 ..... 7......
Tandis que l’épidémie de coronavirus SARS-CoV-2 continue de progresser, les virologues tentent de toujours mieux comprendre la structure du virus et sa dynamique. Récemment, une équipe de chercheurs chinois a révélé qu’il existait en réalité deux souches du coronavirus en circulation : le type S, qui représente 30% des infections, et le type L, qui en représente 70%. Bien que cette dernière soit plus contagieuse que la souche initiale, les virologues insistent sur le fait que les mutations entraînant l’apparition de nouvelles souches sont normales et que la souche L n’est, au regard des données existantes, pas plus mortelle que la S.
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Deux souches du nouveau coronavirus se répandent actuellement dans le monde, selon une analyse de 103 cas. Mais l’Organisation mondiale de la santé (OMS) insiste sur le fait « qu’il n’y a aucune preuve que le virus a changé en profondeur ». Alors, combien de souches existe-t-il et pourquoi est-ce important en matière d’épidémiologie ?

Certains virus mutent en permanence, en particulier les virus à ARN comme le coronavirus SARS-CoV-2. Jusque là, rien d’anormal. Le virus de la grippe est un autre exemple de virus mutant très fréquemment. Lorsqu’une personne est infectée par le coronavirus, il se réplique dans ses voies respiratoires. Chaque fois que c’est le cas, une demi-douzaine de mutations génétiques se produisent, selon Ian Jones de l’Université de Reading, au Royaume-Uni.

Souche L : avec 70% des cas d’infection, elle se montre plus contagieuse
Lorsque Xiaolu Tang de l’Université de Pékin et ses collègues ont étudié le génome viral prélevé sur 103 cas, ils ont trouvé des mutations communes à deux endroits du génome. L’équipe a identifié deux souches virales en fonction des différences de génome dans ces deux régions : 72 virus ont été classés « type L » et 29 ont été classés « type S ». L’étude a été publiée dans la revue National Science Review.

Une analyse séparée de l’équipe suggère que le type L était dérivé de l’ancien type S. La première souche est probablement apparue au moment où le virus est passé des animaux aux humains. Le second est apparu peu après. La mutation virale est relativement courante lorsque le mode de transmission entre hôtes évolue. Les deux sont impliqués dans l’épidémie mondiale actuelle. Le fait que le type L soit plus répandu suggère qu’il est peut-être « plus agressif » que le type S.
En effet, le type L, dont le mécanisme de propagation dans les populations humaines est plus efficace que celui du type S, serait plus contagieux. Il représente environ 70% des cas dans le monde actuellement, contre 30% pour le type S. « Il semble y avoir deux souches différentes. Le type L pourrait être plus agressif dans sa transmission, mais nous ne savons pas encore comment ces changements génétiques sous-jacents seront liés à la gravité de la maladie », explique Ravinder Kanda de l’Université d’Oxford.

Deux souches très peu différentes dans leurs caractéristiques génomiques
Il est essentiel de savoir combien de souches du virus existent. Partout dans le monde, plusieurs groupes travaillent sur un vaccin contre le virus. Tout vaccin devra cibler les caractéristiques que l’on trouve dans les deux souches pour être efficace. Les différences entre les deux souches identifiées sont minimes. En fait, elles ne peuvent pas vraiment être considérées comme des « souches » distinctes, explique Jones.

Et bon nombre des différences génétiques n’affecteront pas la production de protéines, et ne changeront donc pas le fonctionnement du virus ou les symptômes qu’il provoque. L’un n’est pas plus meurtrier que l’autre. « En termes pratiques, le virus est tel qu’il était lors de son apparition. Il n’y a aucune preuve que cela empire ». Le sentiment est repris par l’Organisation mondiale de la santé. L’étude de Tang et ses collègues suggère seulement qu’il existe une certaine diversité génétique du virus.

La nécessité d’acquérir plus de données sur les souches existantes

L’étude ne représente que 103 cas. Une base de données en ligne plus importante a rassemblé les résultats de séquençage de 166 cas. Les deux représentent donc qu’une très petite fraction des plus de 100’000 cas officiellement signalés. Jones indique que nous pouvons nous attendre à ce que davantage de souches émergent.

Les épidémiologistes conviennent généralement qu’une fois qu’une personne est infectée par le coronavirus, il est peu probable qu’elle soit à nouveau infectée — à moins que le virus ne mute pour lui permettre de surmonter les défenses du système immunitaire.

Cette « pression de sélection » pourrait conduire à l’apparition d’une nouvelle souche. C’est le cas de la grippe saisonnière — de nouvelles variantes surgissent chaque année, pouvant infecter les gens qu’ils aient eu ou non la grippe dans le passé. Nous pourrions donc voir le même schéma émerger pour le nouveau coronavirus dans les années à venir.

Sources : NSR [/COLOR]