معظم مواقع الانترنت تحتفظ بمعلومات زائريها في ملفات الكوكيز ، مما يصبح مادة دسمة لمخترقي المواقع "هاكرز" في كشف بعض المعلومات السرية المتواجدة في ملفات الكوكيز مثل أرقام التليفون وعناوين الإيميل وكلمات السر في بعض الأحيان أيضا. ويمكن ان يتم سرقة الكوكيز إما عن طريق برامج خبيثة Trojans أو من خلال الثغرات الأمنية في بعض المتصفحات والتي يستغلها الهاكرز.
لذا يجب الانتباه جيدا إلي ضرورة التخلص من ملفات الكوكيز علي جهازك فإذا قمت بإلغاء ملفات الانترنت المؤقتة Temporary Internet Files فيتم إلغاؤها أولا بأول، ولكن في بعض الاحيان يحتاج المستخدم إلي إبقاء بعض البيانات الخاصة بالمواقع التي قام بزيارتها مؤخرا او معلومات عن الملفات التي قام بتحميلها، لذا يمكن إختيار مسح ملفات الكوكيز فقط ، وجميع المتصفحات توفر إمكانية مسح الكوكيز بعد الانتهاء من إستخدام المتصفح. ويمكنك إختيار ما بين التوقيت الذي ترغب في مسح الكوكيز فيمكن إلغاء الملفات يوميا أو كل اسبوع أو أكثر حسب رغبتك ومن الأفضل اختيار الإلغاء اليومي لها.
وهناك أيضا برامج تقوم بهذه الوظيفة مثل CCleaner حيث يقوم أوتوماتيكيا بعمل مسح شامل لملفات الكوكيز التي توجد علي كل المتصفحات المعدة علي حاسبك بشكل يومي مما يحافظ على نظافة الحاسب وخصوصيتك علي الانترنت.